Point vulnérable de la ligne de ravitaillement du Bas-Canada pendant la guerre de 1812-1814, Gananoque fut bombardée, en son pont détruit, le 21 septembre 1812. Elle fut ensuite fortifiée par les miliciens de Leeds. Les 104e, 41e et 89e régiments, des Voltigeurs canadiens, les 57e et 70e régiments et le Royal Newfoundland s’y établirent tour à tour en garnison. Avec l’aide de l’Artillerie royale, Gananoque devint la base navale d’une division de canonnières chargée de protéger le transport dans les eaux des Milles-Îles.