Après l'union du Haut et du Bas-Canada, en 1841, Kingston fut choisie comme capitale. On modifia à la hâte le nouvel hôpital municipal pour qu'il abrite temporairement les chambres législatives. Les trois sessions du premier parlement s'y déroulèrent entre juin 1841 et décembre 1843. A cause de pressions politiques et de l'exiguïté des locaux, on décida de transférer le siège du gouvernement à Montréal, où la seconde assemblée législative se réunit pour la première fois en novembre 1844.

Après que des protestataires anglophones eurent incendié, le Parlement à Montréal au cours de l'émeute provoquée en 1849 par l'adoption de la loi d'indemnité aux victimes des insurrections de 1837-1838, le siège du gouvernement provincial alterna en Toronto et Québec. Les sessions de 1850, 1851 et de 1856 à 1859 eurent lieu dans les immeubles construits entre 1829 en 1832 pour le Parlement du Haut-Canada à York, plus tard Toronto. On démolit ces édifices, qui occupaient le quadrilatere des rues Wellington, Simcoe, Front et John, en 1904.

De 1850 à 1866, Toronto et Québec furent tour à tour la capitale de la Province du Canada. Le Parlement se réunit en 1852 au siège de l'ancienne Assemblée législative du Bas-Canada, élevé en l'emplacement de l'ancien palais épiscopal. Un incendie le rasa en 1854 et les législateurs logèrent à la salle de musique jusqu'en 1856. Dans l'attente des immeubles du nouveau parlement à Ottawa les sessions se tinrent en un nouvel édifice sis au parc Montmorency. La Conférence de Québec, en 1864, y siégea de même que le Parlement du Québec de 1867 à 1883, alors qu'il fut encore incendié.

En 1841, la Grande-Bretagne crée la nouvelle province du Canada réunissant le Haut et le Bas-Canada après les soulèvements de 1837-1838. Le Parlement se réunit d’abord à Kingston puis est relocalisé dès 1844 à Montréal à la suite de pressions politiques. La représentation égale pénalise d’abord la majorité francophone du Bas-Canada et ensuite la population anglophone grandissante du Haut-Canada. En 1849, des protestataires anglophones incendient le marché Sainte-Anne, siège du Parlement. Les troubles persistants amènent les députés à siéger en alternance à Toronto et à Québec jusqu’en 1866, lorsqu’Ottawa devient la capitale.