Né a Claremont, Thomson grandit près de Owen Sound. Il était artisan photograveur à Toronto quand certains artistes, reconnaissant en lui un artiste-né, l'encouragèrent à dessiner et à peindre. Après 1912, émerveillé par les paysages sauvages du nord de l'Ontario, Thomson fréquenta le Parc Algonquin. A sa mort, sur ce lac, il avait développé un nouvel art du paysage et laissait une oeuvre typiquement canadienne, de haute valeur artistique, qui eut une grande influence sur le célèbre Groupe des Sept. Plusieurs de ses toiles les plus connues ont été inspirées par les sites environnants.